Asetus (EU) N:o 1299/2013 13. artiklan mukaan johtavan tuensaajan tulee vastata siitä, että hankkeeseen osallistuvien tuensaajien keskinäiset järjestelyt sisällytetään yhteistyösopimukseen. Yhteistyösopimuksen on sisällettävä määräyksiä, jotka takaavat myönnettyjen varojen moitteettoman varainhoidon ja rutiinit miten mahdollisen virheellisesti maksetun tuen takaisin maksaminen tapahtuu. Yhteistyösopimukseen tulee sisältää vähintään seuraavat määräykset:

  • Aikataulu ja yhteistyösopimukseen osallistujat (yleensä samat kuin hankkeella)
  • Hankkeeseen osallistujien asema ja vastuunjako
  • Rutiinit mahdollisten aiheettomasti maksettujen määrien takaisinperimiseksi
  • Ehdot mahdollisten muutosten tekemiselle yhteistyösopimukseen
  • Ehdot mahdollisten esim. hankkeen sisältöä, aikataulua, budjettia ja rahoittajia koskevien muutosten tekemiselle
  • Mitä seuraamuksia sopimuksen rikkomisella on
  • Kuinka mahdolliset osapuolten väliset erimielisyydet ratkaistaan
  • Kirjanpitorutiinit
  • Kuinka maksetun EU-tuen siirrot ja vastinrahoitus hoidetaan osapuolten kesken
  • Kuinka kilpailutus suoritetaan
  • Kuinka mahdolliset budjetinylitykset käsitellään
  • Kuinka henkilöstön palkkaaminen hankkeeseen hoidetaan
  • Kuinka hankkeen mahdollisesti hankkima omaisuus myydään hankkeen lopussa
  • Tärkeät määräajat (esim. hankeraportoinnille) ja seuraamukset niiden noudattamatta jättämisestä
  • Kuinka hankkeesta ja sen tuloksista tiedotetaan
  • Kuinka hankkeen tulokset saadaan säilytettyä hankkeen loppumisen jälkeen
  • Kuinka mahdollisten aineettomien oikeuksien (tekijänoikeus, tavaramerkit) siirtäminen toteutetaan hankkeen päättyessä
  • Kuinka mahdollisia salassapidettäviä tietoja käsitellään

Johtavan tuensaajan tulee huolehtia siitä, että kaikki osapuolet ovat allekirjoittaneet sopimuksen viimeistään siinä vaiheessa, kun hankkeen ensimmäinen maksatushakemus jätetään. Kopia sopimuksesta lähetetään hallintoviranomaiselle.