Förvaltande myndighet och det gemensamma sekretariatet följer upp projekten dels genom att läsa de läges- och slutrapporter som lämnas in och dels genom projektbesök. Nationella kontrollanter granskar projekten genom skrivbordgranskning men även genom att göra kontroller på plats hos stödmottagarna. Revisionsmyndigheten (Ekonomistyrningsverket) eller EU-kommissionen kan också kontrollera projekten på plats.
